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James Troup reportó
que había estado trabajando en la reimplementación de las herramientas de
mantenimiento de los archivos y migrando al nuevo sistema de almacenes de
paquetes. A partir de esta fecha, los ficheros son almacenados en un
directorio llamado como el paquete fuente correspondiente dentro del
directorio pools
. Los directorios de distribuciones
solo contendrán ficheros «Packages» que, a su vez, contienen referencias al
almacén («pool»). Esto simplifica la superposición de distribuciones como
«en pruebas» e «inestable». El archivo es también administrado con bases de
datos PostgreSQL, lo que agiliza las consultas.
Bdale Garbee introdujo por primera vez este concepto de gestión de los archivos de Debian como si fueran una especie de caché de paquetes mediante este correo electrónico a la lista debian-devel en mayo de 1998.
Alrededor de las 08:00 CET del 20 de noviembre de 2002, el «Network Operations Center (NOC)» de la Universidad de Twente se incendió. El edificio se destruyó por completo. Los bomberos abandonaron toda esperanza de proteger el área de servidores. Entre otras cosas el centro hospedaba satie.debian.org, que contenía los archivos de seguridad y «non-US», así como las bases de datos de «new-maintainer (nm)» y de control de calidad (qa). Debian reconstruyó estos servicios en el servidor klecker, que había sido recientemente trasladado de EE.UU. a los Países Bajos.
Empezando a las 17:00 UTC del 19 de noviembre de 2003, cuatro de los principales servidores web del proyecto: seguimiento de fallos, listas de correo, seguridad y búsquedas web se vieron comprometidos. Los servicios se apagaron para su inspección y, afortunadamente, se pudo confirmar que el archivo de paquetes no se vio afectado por este compromiso. El 25 de noviembre todos los servicios se restauraron y volvieron a estar disponibles.