O conceito mais importante para realçar é o sistema de pacotes Debian. Na sua essência, grande parte do seu sistema deve ser considerado sob o controlo do sistema de pacotes. Incluem-se:

Por exemplo, se substituir /usr/bin/perl, isso irá funcionar, mas se fizer um upgrade ao seu pacote perl , o ficheiro que lá puser irá ser substituído. Utilizadores mais avançados poderão contornar isto, ao colocar pacotes como hold no aptitude.

Um dos melhores métodos de instalação é o apt. Pode utilizar a versão de linha de comandos do apt assim como ferramentas como aptitude ou synaptic (que são apenas frontends gráficos para o apt). Note que o apt também o deixa juntar as seções main, contrib. non-free e non-free-firmware de forma a que possa ter, ao mesmo tempo, pacotes restritos (estritamente falando, não pertencentes a Debian) assim como pacotes de Debian GNU/Linux.

Existem repositórios de software oficial e não-oficial que não estão ativos, por predefinição, na instalação de Debian. Estes contém software que pode achar importante ou que pode esperar ter. A informação destes repositórios adicionais pode ser encontrada na página do Wiki Debian chamada Software Disponível para o Lançamento Estável de Debian.

Versões alternativas das aplicações são geridas por alternativas de atualização. Se está a manter múltiplas versões das suas aplicações, leia a página do manual update-alternatives.

Quaisquer tarefas debaixo do âmbito do administrador do sistema, devem estar colocadas em /etc, uma vez que são ficheiros de configuração. Se tem um cron job para root, para correr diariamente, semanalmente, ou mensalmente, coloque-os em /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Estes serão invocados a partir de /etc/crontab, e correrão por ordem alfabética o que os serializa.

Por outro lado, se tiver um cron job que (a) necessita de ser corrido como um utilizador especial ou, (b) necessita ser corrido num tempo ou frequência especiais, pode usar tanto /etc/crontab, ou, melhor ainda, /etc/cron.d/whatever. Estes ficheiros também têm um campo extra que lhe permite estipular a conta do utilizador que sob a qual corre o cron job.

Em qualquer um dos casos, basta editar os ficheiros e o cron irá notá-lo automaticamente. Não há necessidade de correr um comando especial. Para mais informação veja cron(8), crontab(5), e /usr/share/doc/cron/README.Debian.