Come minimo, GNU/Linux ha bisogno di una partizione: è possibile avere una sola partizione che contiene il sistema operativo, le applicazioni e i file personali dell'utente. Molti ritengono necessaria una partizione di swap separata, ma non è obbligatorio averla. Lo «swap» è uno spazio a disposizione del sistema operativo, da usare come «memoria virtuale»; usare una partizione separata per lo swap, permette a Linux di usarlo in modo molto più efficiente. È comunque possibile forzare Linux a usare un file regolare come swap, ma non è raccomandato.

La maggior parte degli utenti sceglie di avere più partizioni per GNU/Linux: ci sono un paio di motivi validi per suddividere il file system su più partizioni. Il primo è la sicurezza: se si verifica un guasto che corrompe il file system, di solito viene colpita solo una partizione; quindi per ripristinare il funzionamento, basterà sostituire solo una porzione del proprio sistema (utilizzando la copia di backup conservata con cura). Come minimo è consigliabile creare quella che si chiama in gergo «partizione root», che contiene le componenti fondamentali del sistema. Se qualche altra partizione viene corrotta, sarà ancora possibile avviare GNU/Linux per riparare il sistema, evitando di dover reinstallare il sistema da capo.

Il secondo motivo di solito è più rilevante in un contesto di lavoro, ma in generale dipende dall'uso che si fa del computer. Ad esempio, un server di posta intasato da messaggi non sollecitati può ritrovarsi con una partizione piena: se si è creata una partizione separata per /var/mail, il resto del sistema continuerà a funzionare.

L'unico vero difetto nell'uso di più partizioni consiste nel fatto che spesso è difficile conoscere in anticipo le proprie necessità. Se si crea una partizione troppo piccola, occorrerà reinstallare il sistema, oppure ci si troverà a dover continuamente spostare dati per far posto nella partizione troppo piccola. D'altro canto, se si crea una partizione troppo grande, si sprecherà spazio che potrebbe essere usato in altri modi: oggi lo spazio su disco non costa molto, ma perché sprecare il proprio denaro?