Com a mínim imprescindible, GNU/Linux necessita una partició pròpia. Podeu tenir una única partició que contingui tot el sistema operatiu, les aplicacions i els vostres fitxers personals. Molta gent pensa que també és necessària una altra partició per a l'intercanvi de memòria, però això no és cert del tot. La partició d'intercanvi o «swap» és un espai reservat per al sistema operatiu, i que permet utilitzar el disc com si es tractés de «memòria virtual». Si poseu l'espai d'intercanvi en una altra partició independent, Linux pot fer-ne un ús molt més eficient. Es pot fer servir un fitxer normal per a l'intercanvi, però no és recomanable.

Tanmateix, la majoria de la gent prefereix assignar a GNU/Linux més particions de les estrictament necessàries. Hi ha dos motius pels que us pot interessar dividir el sistema de fitxers en unes quantes particions més petites. El primer és per seguretat. Si passa res que malmeti el sistema de fitxers, generalment només afectarà una partició. D'aquesta manera només caldrà restaurar una part del sistema (a partir de les còpies de seguretat que aneu fent meticulosament). Almenys seria bo considerar tenir el que normalment es coneix com «partició arrel». Aquesta conté els components més essencials del sistema. Si qualsevol de les altres particions queda malmesa, encara podreu arrencar GNU/Linux per arreglar el sistema. Això us pot estalviar haver de reinstal·lar-ho tot de nou.

El segon motiu generalment és més important en un entorn professional, però en realitat dependrà de l'ús que feu de la màquina. Per exemple, un servidor que rep molt correu no desitjat pot omplir fàcilment una partició. Si teniu /var/mail en una partició separada al servidor de correu, la major part del sistema continuarà funcionant.

L'únic inconvenient real de fer servir més particions és que sovint és difícil saber d'entrada quines necessitats tindreu. Si feu una partició massa petita, llavors o reinstal·leu el sistema o no parareu de moure coses d'una banda a l'altra per fer lloc a la partició infradimensionada. D'altra banda, si feu la partició massa gran estareu malbaratant espai que es podria fer servir per a alguna altra cosa. És cert que l'espai de disc és barat avui en dia, però tot i així, per què llançar els diners?