Per arrestare un sistema Debian GNU/Linux non si deve riavviare la macchina con il pulsante reset sul computer né spengere il computer. Debian GNU/Linux dovrebbe essere spento in modo controllato altrimenti si potrebbero perdere dei file e/o si rischia di danneggiare il disco. In un ambiente desktop solitamente è disponibile nel menu delle applicazioni l'opzione per il «log out» che permette anche di spengere (o riavviare) il sistema.

In alternativa è possibile premere la combinazione di tasti Ctrl+Alt+Canc. Se le combinazioni di tasti non funzionano, è possibile fare il login come root ed eseguire uno dei seguenti comandi: reboot per riavviare il sistema, halt per arrrestare il sistema senza spegnerlo^[15]. Per spegnere la macchina usare poweroff oppure shutdown -h now. Il sistema init systemd fornisce anche altri comandi per la effettuare la stessa operazione; per esempio systemctl reboot oppure systemctl poweroff.