El concepte més important que heu de comprendre és el sistema d'empaquetament de Debian. Essencialment, considereu que la major part del vostre sistema està sota el control del sistema de paquets. Això inclou:

Per exemple, si reemplaceu /usr/bin/perl, funcionarà, però si aleshores actualitzeu el vostre paquet perl, el fitxer que hi havia serà reemplaçat de nou. Els més experts ho podeu evitar posant els paquets a «hold» (mantenir) amb l'aptitude.

Un dels millors mètodes d'instal·lació és «apt». Podeu usar la versió de línia d'ordres apt, o bé eines com ara aptitude o synaptic (que són bàsicament interfícies gràfiques d'apt). Noteu que «apt» també us deixarà combinar «main», «contrib», «non-free» i «non-free-firmware» de tal manera que podeu tenir paquets amb restriccions (que estrictament parlant no pertanyen a Debian) així com paquets de Debian GNU/Linux al mateix temps.

Hi ha repositoris de programari oficials i no oficials que no estan disponibles predeterminadament a la instal·lació de Debian. Contenen programari que podeu considerar important i que esperau tenir. La informació sobre aquests repositoris addicionals està disponible a la pàgina de Debian The Software Available for Debian's Stable Release.

Les versions alternatives de les aplicacions es gestionen mitjançant «update-alternatives». Si manteniu múltiples versions dels vostres programes, llegiu la pàgina del manual de «update-alternatives».

Qualsevol tasca sota la supervisió de l'administrador del sistema ha d'estar a /etc, on hi ha els fitxers de configuració. Si teniu una tasca «cron» com a «root», podeu posar-la a /etc/cron.{daily,weekly,monthly} segons si voleu que sigui diària, setmanal o mensual. Aquestes tasques seran invocades des de /etc/crontab, i executades per ordre alfabètic.

D'altra banda, si teniu una tasca que s'ha d'executar (a) com a un usuari en concret o (b) en un moment específic o amb una freqüència establerta, podeu usar /etc/crontab, o encara millor, /etc/cron.d/qualsevol_cosa. Aquests fitxers tenen un camp addicional que permet definir el compte d'usuari amb què s'executarà la tasca.

En qualsevol cas, simplement editeu els fitxers i cron se n'adonarà automàticament. No hi ha cap necessitat d'executar ordres especials. Per a més informació, consulteu cron(8), crontab(5), i /usr/share/doc/cron/README.Debian.